Il mondo entra in un terribile stato di crisi quando, i membri dell'equipaggio dell'Enterprise, sono costretti a rientrare alla base e si ritrovano a fare i conti con una forza oscura presente nella loro stessa organizzazione. Il capitano Kirk, interpretato da Chris Pine, è a capo di una caccia all'uomo e ha una personalissima missione da portare a termine. Per l'equipaggio sarà l'inizio di una vera e propria partita a scacchi con la morte.